Die erste große Veränderung brachte für die Pfarrei Schlüsselfeld das auf die Reformation folgende Jahrhundert. Haas schreibt 1819 in seiner "Geschichte des Slavenlandes": "In der Pfarrei Schlüsselfeld mit Thüngfeld hat die Reformation auch Eingang gefunden, ward aber bald in ihrem Verbreiten gehindert." Er kann damit nur die Pfarrei in den Grenzen des 18. Jahrhunderts gemeint haben, da vor der Reformation ‑ und noch mindestens bis 1530 ‑ nur die Stadt Schlüsselfeld zur Pfarrei Schlüsselfeld gehörte. Thüngfeld gehörte nach einer Beschreibung der Pfarrei Burghaslach in der Zeit vor der Reformation noch zur Pfarrei Burghaslach. In Schlüsselfeld, das als Würzburger Pfarrei Landkapitelsitz und Fürstbischöflich‑Würzburger Amtssitz war, kann von einem erfolgreichen Eingang der Reformation nicht gesprochen werden.
In den Dörfern, die in nachreformatorischer Zeit zur Pfarrei Schlüsselfeld kamen, verhielt es sich anders. Heuchelheim, Ziegelsambach und Ober‑ und Untermelsendorf waren vorübergehend ganz evangelisch geworden - Heuchelheim bis 1671.
Verschiedene Schreiben und „Fürstbischöfliche Bescheide“ aus dieser Zeit lassen erkennen, daß die damaligen kirchlichen Verhältnisse aber auch beim Schlüsselfelder Volk Unsicherheit und Gleichgültigkeit hervorgerufen haben. So wird ermahnt, daß die Sonn‑ und Feiertage sowie die Fasttage gehalten werden „und die Übertreter zur gebührenden Straf genommen werden“.
Diese Schreiben an den Amtmann von Schlüsselfeld bringen die Sorge des Würzburger Bischofs zum Ausdruck, gerade in den Teilen des Bistums, wo der Bischof zugleich Landesherr war, die katholische Religion zu erhalten und wieder zu festigen. Dies geschah natürlich mit Worten und Methoden entsprechend der damaligen Zeit.
Der Landesherr, der auf genaue Beachtung der Kirchenordnung drang, war zu dieser Zeit Julius Echter von Mespelbrunn (1573 ‑ 1617), einer der größten Würzburger Bischöfe. In seiner Amtszeit wurden die äußere und innere Verwaltung des Bistums neu geordnet. So wurden 1595 die Tauf‑, Trauungs‑ und Totenbücher ‑ die sog. Matrikelbücher - der Pfarrei angelegt. Am 13.01.1603 erhielt Pfarrer Klein von Bischof Julius den schriftlichen Auftrag, das Pfarrhaus "ganz baufellig und von neuem wieder zu bauen".
Unter Pfarrer Klein waren um 1595 endgültig Ober‑ und Untermelsendorf, Eckersbach, Bernroth, Thüngfeld, Attelsdorf, Rambach und Ziegelsambach der Pfarrei einverleibt. 1599 schreibt er in das Totenbuch: „Ziegelsambach, so ich mit viel Müh und Arbeit wiederum reformiert habe“.
Die religiöse Gegenbewegung und Rekatholisierung war aber zu Ende, als der 30jährige Krieg über Deutschland hereinbrach. Nach dem Sieg des Schwedenkönigs Gustav Adolf 1631 über Tilly bei Breitenfeld brachen die Schweden im Sturmlauf in Franken ein, eroberten die Bischofsstadt Würzburg mit der Festung und zogen dann gegen Bamberg und Nürnberg. Das Gebiet zwischen den drei Städten Würzburg, Bamberg und Nürnberg war Durchzugsgebiet und wurde zum Tummelplatz einer plündernden und mordenden Soldateska. "Der Schwed ist kommen" schrieb der Pfarrer ins Schlüsselfelder Pfarrbuch. Am 04. Oktober 1631 wurde im Taufbuch der letzte ordentliche Eintrag gemacht. Auf wenigen Seiten, wirr durcheinander, mit zahlreichen und verschiedenen Handschriften, bald die eines Mönches, dann wieder eines Pfarrers aus einer Nachbargemeinde (Wachenroth, Höchstadt, Burgebrach ... ), nebst des öfteren eines Diakons aus Burghaslach, stehen zwischen 1632 bis 1646 die wenigen Tauf‑ und Sterbeeinträge und zeigen in anschaulicher Weise, wie in diesen Kriegswirren nicht nur Not, Tod und Elend über die Menschen kam, sondern auch, wie das religiöse und kirchliche Leben einer Pfarrei auf Jahrzehnte total zusammengebrochen war. Einige Beispiele aus dem Totenbuch: "Den 09. November 1632 starb die Witwe Barbara Fischer; beichtete zwar, konnte aber nicht kommunizieren aus Abgang einer hl. Hostie; denn die Schweden haben alle Kirchen verwüstet und geplündert." Oder Totenbuch 1635: "Die hier folgenden sind an Hunger gestorben." Dann sind 28 Namen aufgezählt.
Der erste Seelsorger, der nach den Jahrzehnten der Kriegswirren wieder segensreich wirken konnte, war Sebastian Werner (1664 ‑ 1689). Gerade unter seiner Amtszeit gingen von Schlüsselfeld Bemühungen aus, die evangelisch gewordenen Orte wieder zum kath. Glauben zurückzuführen, so Heuchelheim (1671) und andere.