Parallel zum großen fränkischen Marktplatz erhebt sich die Schlüsselfelder Pfarrkirche St. Johannes d. Täufer. Wahrscheinlich in der zweiten Hälfte des vierzehnten Jahrhunderts erbaut, hat sie über die Zeiten hinweg zahlreiche Veränderungen und Ergänzungen erlebt.
Den optischen Mittelpunkt bildet der barocke Hochaltar mit dem Altarbild der Verkündigung Mariens von Oswald Onghers (1702) und dem reich verzierten Rokkoko-Prunktabernakel.
Der Hochaltar war ursprünglich für die Würzburger Universitätskirche geschaffen und mußte nach dem Erwerb für die Schlüsselfelder Pfarrkirche erst „eingepaßt“ werden, so daß er zahlreiche Veränderungen über sich ergehen lassen mußte.
1994 wurde der Altarraum neugestaltet und die gesamte Kirche grundlegend renoviert. Die Lösung erforderte verschiedene Veränderungen im Chorraum, um so für einen Zelebrationsaltar und einen Ambo aus rotem Mainsandstein großzügig Platz zu schaffen.
An den Seiten des Altars befinden sich insgesamt vier Medallions. Die Vorderseite ist mit dem Kreuz geschmückt und birgt das Reliquiengrab, in das bei der Altarweihe Reliquien der frühchristlichen Märtyrer Faustus und Amanda beigesetzt wurden. An den Seiten sind einmal fünf Brote und zwei Fische (Neues Testament) und gegenüber der Krug mit dem Brot (Altes Testament) dargestellt. Diese beiden Darstellungen werden verbunden durch das rückseitige Medallion, das die Aufschrift trägt: "Seht das Lamm Gottes" ? ein Zitat des Kirchenpatrons, der an der Schwelle vom Alten Testament zum Neuen Testament steht. Der Ambo wird geziert von den pfingstlichen Feuerzungen.
Die Pfarrkirche bildet mit ihrer Vielfalt der Kunstrichtungen, von der Strenge der Gotik über die Heiterkeit des Barock bis hin zur zeitgenössischen Kunst eine erstaunliche Harmonie und Ruhe.
In der Gründungsurkunde der Pfarrei Schlüsselfeld von 1376 („gegeben ... am Freitag nach dem Feste des heiligen Johannes d. T.“) wird erwähnt, daß die hier bereits stehende „volkreiche Kapelle“ dem hl. Kilian geweiht war. In einem späteren Verzeichnis über die Würzburger Kirchen ist für die Pfarrkirche in Schlüsselfeld das Patrozinium „Maria und Kilian“ erwähnt.
In einer Urkunde von 1501 wird Johannes der Täufer als der erste Patron und Kilian als Nebenpatron angegeben. Der Zeitpunkt des Wechsels konnte bisher nicht festgestellt werden. Der Wechsel als solcher läßt sich evtl. dahingehend erklären, nachdem es vornehmlich im 12. Jahrhundert üblich war, die „Landdekanatskirchen“ der neu aufblühenden Orte Johannes d. T. zu unterstellen.